htsjdk.samtools htsjdk.samtools.apps htsjdk.samtools.cram htsjdk.samtools.cram.build htsjdk.samtools.cram.common htsjdk.samtools.cram.compression htsjdk.samtools.cram.compression.rans htsjdk.samtools.cram.digest htsjdk.samtools.cram.encoding htsjdk.samtools.cram.encoding.core htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils htsjdk.samtools.cram.encoding.external htsjdk.samtools.cram.encoding.reader htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures htsjdk.samtools.cram.encoding.writer htsjdk.samtools.cram.io htsjdk.samtools.cram.lossy htsjdk.samtools.cram.ref htsjdk.samtools.cram.structure htsjdk.samtools.cram.structure.block htsjdk.samtools.example htsjdk.samtools.fastq htsjdk.samtools.filter htsjdk.samtools.liftover htsjdk.samtools.metrics htsjdk.samtools.reference htsjdk.samtools.seekablestream htsjdk.samtools.sra htsjdk.samtools.util htsjdk.samtools.util.ftp htsjdk.samtools.util.nio htsjdk.samtools.util.zip htsjdk.tribble htsjdk.tribble.IntervalList htsjdk.tribble.annotation htsjdk.tribble.bed htsjdk.tribble.example htsjdk.tribble.exception htsjdk.tribble.index htsjdk.tribble.index.interval htsjdk.tribble.index.linear htsjdk.tribble.index.tabix htsjdk.tribble.readers htsjdk.tribble.util htsjdk.tribble.util.popgen htsjdk.utils htsjdk.variant.bcf2 htsjdk.variant.example htsjdk.variant.utils htsjdk.variant.variantcontext htsjdk.variant.variantcontext.filter htsjdk.variant.variantcontext.writer htsjdk.variant.vcf