Package htsjdk.samtools.cram.compression.fqzcomp

Class FQZParam

java.lang.Object
htsjdk.samtools.cram.compression.fqzcomp.FQZParam
public class FQZParam extends Object

  • Constructor Details

    • FQZParam

      public FQZParam(ByteBuffer inBuffer, int numberOfSymbols)

  • Method Details

    • getContext

      public int getContext()

    • isDoDedup

      public boolean isDoDedup()

    • getFixedLen

      public int getFixedLen()

    • isDoSel

      public boolean isDoSel()

    • isDoQmap

      public boolean isDoQmap()

    • isDoPos

      public boolean isDoPos()

    • isDoDelta

      public boolean isDoDelta()

    • isDoQtab

      public boolean isDoQtab()

    • getMaxSymbols

      public int getMaxSymbols()

    • getQualityContextBits

      public int getQualityContextBits()

    • getQualityContextShift

      public int getQualityContextShift()

    • getQualityContextLocation

      public int getQualityContextLocation()

    • getSelectorContextLocation

      public int getSelectorContextLocation()

    • getPositionContextLocation

      public int getPositionContextLocation()

    • getDeltaContextLocation

      public int getDeltaContextLocation()

    • getQualityMap

      public int[] getQualityMap()

    • getQualityContextTable

      public int[] getQualityContextTable()

    • getPositionContextTable

      public int[] getPositionContextTable()

    • getDeltaContextTable

      public int[] getDeltaContextTable()

    • setFixedLen

      public void setFixedLen(int fixedLen)