htsjdk 3.0.0 API

Packages

Package	Description
htsjdk.annotations
htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta
htsjdk.beta.codecs.reads
htsjdk.beta.codecs.reads.bam
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.cram
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2
htsjdk.beta.codecs.reads.sam
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3
htsjdk.beta.exception
htsjdk.beta.io
htsjdk.beta.io.bundle
htsjdk.beta.plugin
htsjdk.beta.plugin.hapref
htsjdk.beta.plugin.interval
htsjdk.beta.plugin.reads
htsjdk.beta.plugin.registry
htsjdk.beta.plugin.variants
htsjdk.io
htsjdk.samtools
htsjdk.samtools.apps
htsjdk.samtools.cram
htsjdk.samtools.cram.build
htsjdk.samtools.cram.common
htsjdk.samtools.cram.compression
htsjdk.samtools.cram.compression.rans
htsjdk.samtools.cram.digest
htsjdk.samtools.cram.encoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils
htsjdk.samtools.cram.encoding.external
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer
htsjdk.samtools.cram.io
htsjdk.samtools.cram.ref
htsjdk.samtools.cram.structure
htsjdk.samtools.cram.structure.block
htsjdk.samtools.example
htsjdk.samtools.fastq
htsjdk.samtools.filter
htsjdk.samtools.liftover
htsjdk.samtools.metrics
htsjdk.samtools.reference
htsjdk.samtools.seekablestream
htsjdk.samtools.sra
htsjdk.samtools.util
htsjdk.samtools.util.ftp
htsjdk.samtools.util.htsget
htsjdk.samtools.util.nio
htsjdk.samtools.util.zip
htsjdk.tribble
htsjdk.tribble.annotation
htsjdk.tribble.bed
htsjdk.tribble.example
htsjdk.tribble.exception
htsjdk.tribble.gff
htsjdk.tribble.index
htsjdk.tribble.index.interval
htsjdk.tribble.index.linear
htsjdk.tribble.index.tabix
htsjdk.tribble.IntervalList
htsjdk.tribble.readers
htsjdk.tribble.util
htsjdk.tribble.util.popgen
htsjdk.utils
htsjdk.variant.bcf2
htsjdk.variant.example
htsjdk.variant.utils
htsjdk.variant.variantcontext
htsjdk.variant.variantcontext.filter
htsjdk.variant.variantcontext.writer
htsjdk.variant.vcf