Class Hierarchy
- java.lang.Object
- picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram.SamHeaderAndIterator
- picard.cmdline.CommandLineProgram
- picard.sam.markduplicates.util.AbstractOpticalDuplicateFinderCommandLineProgram
- picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram
- picard.sam.markduplicates.util.AbstractOpticalDuplicateFinderCommandLineProgram
- picard.sam.markduplicates.util.DiskBasedReadEndsForMarkDuplicatesMap (implements picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap)
- picard.sam.markduplicates.util.LibraryIdGenerator
- picard.sam.markduplicates.util.MarkQueue
- picard.sam.markduplicates.util.MemoryBasedReadEndsForMarkDuplicatesMap (implements picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap)
- picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigarSet
- picard.sam.util.PhysicalLocationInt (implements picard.sam.util.PhysicalLocation)
- picard.sam.util.PhysicalLocationShort
- picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigar
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEnds
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicates (implements java.lang.Cloneable)
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodes
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMateCigar
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicates (implements java.lang.Cloneable)
- picard.sam.util.PhysicalLocationShort
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodesCodec
- picard.sam.util.ReadNameParser (implements java.io.Serializable)
- picard.sam.markduplicates.util.OpticalDuplicateFinder (implements java.io.Serializable)
- picard.sam.markduplicates.util.RepresentativeReadIndexerCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
- htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal
- picard.sam.markduplicates.util.SamRecordWithOrdinalAndSetDuplicateReadFlag
Interface Hierarchy
- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap