Class Hierarchy
- java.lang.Object
- htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter<HEADER,
TYPE> - htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator
- htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.InvertFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter
- htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.TagFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter<HEADER,
Interface Hierarchy
- htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter