Class Hierarchy
- java.lang.Object
- htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex (implements htsjdk.samtools.BAMIndex)
- htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.AlignmentBlock (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BamFileIoUtils
- htsjdk.samtools.BAMFileReader.BAMQueryFilteringIterator
- htsjdk.samtools.BAMFileSpan (implements htsjdk.samtools.SAMFileSpan, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.BAMIndexer
- htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData
- htsjdk.samtools.BamIndexValidator
- htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter
- htsjdk.samtools.BAMRecordCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
- htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer
- htsjdk.samtools.BAMStartingAtIteratorFilter
- htsjdk.samtools.BAMStreamWriter
- htsjdk.samtools.Bin (implements java.lang.Comparable<T>)
- htsjdk.samtools.BinaryTagCodec
- htsjdk.samtools.BinList (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder
- htsjdk.samtools.BinningIndexContent
- htsjdk.samtools.BinningIndexContent.BinList (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.Chunk (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.Cigar (implements java.lang.Iterable<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.CigarElement (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap<KEY,REC> (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer (implements htsjdk.samtools.CRAMIndexer)
- htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter
- htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer (implements htsjdk.samtools.CRAMIndexer)
- htsjdk.samtools.CRAMIterator (implements java.io.Closeable, htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.CustomReaderFactory
- htsjdk.samtools.Defaults
- htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory (implements htsjdk.samtools.SAMRecordFactory)
- htsjdk.samtools.DownsamplingIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory
- htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy
- htsjdk.samtools.DuplicateSet
- htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil
- htsjdk.samtools.HtsgetBAMFileReader.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
- htsjdk.samtools.IndexMerger<T>
- htsjdk.samtools.LinearIndex
- htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.metrics.MetricBase
- htsjdk.samtools.util.PeekableIterator<Object> (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
- htsjdk.samtools.QueryInterval (implements java.lang.Comparable<T>)
- htsjdk.samtools.ReservedTagConstants
- htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMFileHeader.PgIdGenerator
- htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger
- htsjdk.samtools.SamFiles
- htsjdk.samtools.SAMFileSource
- htsjdk.samtools.SamFileValidator
- htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory (implements java.lang.Cloneable)
- htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl (implements htsjdk.samtools.SAMFileWriter)
- htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator<T> (implements java.util.Comparator<T>, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SamInputResource
- htsjdk.samtools.SAMLineParser
- htsjdk.samtools.SamPairUtil
- htsjdk.samtools.SamReader.AssertingIterator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.SamReader.PrimitiveSamReaderToSamReaderAdapter (implements htsjdk.samtools.SamReader, htsjdk.samtools.SamReader.Indexing)
- htsjdk.samtools.SamReader.ReaderImplementation (implements htsjdk.samtools.SamReader.PrimitiveSamReader)
- htsjdk.samtools.SamReader.Type
- htsjdk.samtools.SamReaderFactory
- htsjdk.samtools.SAMRecord (implements java.lang.Cloneable, htsjdk.beta.plugin.HtsRecord, htsjdk.samtools.util.Locatable, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecord.SAMTagAndValue
- htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordComparator, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder (implements java.lang.Iterable<T>)
- htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary (implements htsjdk.beta.plugin.HtsHeader, java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec
- htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker
- htsjdk.samtools.SamStreams
- htsjdk.samtools.SAMTagUtil
- htsjdk.samtools.SAMTestUtil
- htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec
- htsjdk.samtools.SAMUtils
- htsjdk.samtools.SAMValidationError (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndex (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndex.Header (implements java.io.Serializable)
- htsjdk.samtools.SBIIndexWriter
- htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator
- htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator
- htsjdk.samtools.SQTagUtil
- htsjdk.samtools.SRAIndex (implements htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex)
- htsjdk.samtools.SRAIterator (implements htsjdk.samtools.SAMRecordIterator)
- htsjdk.samtools.SRAIterator.RecordRangeInfo
- htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag
- htsjdk.samtools.TextCigarCodec
- htsjdk.samtools.TextTagCodec
- java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)